通過連絡運輸

先日、南多摩の「季の彩」に行った帰り、駅で分倍河原経由にするか登戸経由、はたまた立川経由にしようとを思案していると運賃表に、「登戸・小田急・新宿経由」の運賃表がありました。
へぇー登戸経由だと山手線内は通過連絡運輸があるんだと、目的地は山手線外（浅草橋）なのですが、珍しいので券売機で購入してみました。
通過連絡運輸はsuica・PASMO導入時に殆ど廃止になったと思っていたので、残っていたこと自体驚きました。
さて、通過連絡運輸範囲外へ乗り越した場合、どういう清算になるのか？と思いながら、自動清算機に切符を入れたのですが、流石に機械では処理できず、有人窓口へと表示されてしまいました。
係員に差出すと、一瞬「ん？」と言う顔をして「130円」と言います。
試しに「そんなになるんですか？」と驚くと「打ち切り計算なんで・・・」との回答。
そうなんですかと支払ってきましたが、良く考えて見ると
連絡切符530円+130円＝660円
打切り計算　JR160円+小田急240円+JR160円＝560円
100円も余計に払ってしまったことになります。
この場合、本来、通過連絡運輸をしなかったとみなして560円-530円の30円で良かったのでは？と・・・